Những năm gần đây, các cơn lũ xuất hiện với tần suất cao và cường độ lớn trên hệ thống sông Thu Bồn gây thiệt hại nhiều về người và tài sản cho cư dân Quảng Nam. Những trận lụt lớn năm 1964, 1978, 1983, 1993, 1998, 1999, 2004, 2006 đã làm thay đổi dòng chảy một số đoạn sông, gây xói lở nghiêm trọng bờ sông, Nhà nước cũng nên đầu tư để khắc phục chấm dứt tình trạng trên bằng cách di đơi dân lên vùng cao, đe dọa sự tồn tại của các công trình kiến trúc Hội An.